Peter Pregelj je leta 1997 zaključil študij medicine na Medicinski fakulteti Univerze v Ljubljani in zaključil doktorski študij leta 2002. Od leta 2008 je predsednik Združenja psihiatrov pri Slovenskem zdravniškem društvu in od leta 2014 podpredsednik strokovnega združenje sodnih izvedencev medicinskih strok pri Slovenskem zdravniškem društvu ter ustanovni član Slovenske medicinske akademije ter častni član Svetovnega združenja psihiatrov. Je redni profesor in nosilec predmeta na Medicinski fakulteti, Filozofski fakulteti in Teološki fakulteti Univerze v Ljubljani.
Od leta 2017 je predsednik posebne zdravniške komisije ustanovljene na Ministrstvu za zdravje, od leta 2019 je član stalnega strokovnega telesa za zdravje, pri Strokovnem svet za sodno izvedenstvo, sodno cenilstvo in sodno tolmačenje na Ministrstvu za pravosodje ter od leta 2021 namestnik tožilca pri Zdravniški zbornici Slovenije. Po zaključku specializacije leta 2002 strokovno deluje na različnih enotah Univerzitetne psihiatrične klinike. Kot specialist psihiatrije in specialist klinične farmakologije se vključuje v raziskovalno delo.
Objavil je preko tristo del in preko šestdeset znanstvenih člankov, ki imajo mednarodno odmevnost - preko sedemsto citatov.